A principios de la década de 1940 en el contexto de una Costa Rica preocupada por la creación de instituciones que permitiesen la consolidación de las garantías sociales, un grupo de profesionales visionarios -gestores de las ciencias agropecuarias en el país- decidieron crear una asociación gremial que congregara a quienes trabajaban arduamente por el desarrollo de un sector fundamental en la historia de la nación, cumpliendo su objetivo el 20 de diciembre de 1941 con la publicación de la Ley N°30, Constitutiva del Colegio de Ingenieros Agrónomos.
En 1954 se logró inaugurar la “Casa del Agrónomo” en el centro de San José, modesta vivienda que se transformó en sus primeras oficinas, a inicios de la década de 1970 se trasladó a sus instalaciones actuales en Moravia. En la actualidad, son propios los edificios de las cuatro sedes regionales: Huetar Norte, Huetar Caribe, Brunca y Chorotega, en los cuales se brinda atención, capacitación y gestión de asuntos administrativos a todos los agremiados de cada una de esas regiones.
Han transcurrido más de ochenta años desde aquel momento y gran cantidad de cambios y procesos han moldeado el Colegio hasta llegar a ser lo que hoy es. La publicación de varias Leyes Orgánicas (N°797 en 1949; N°3855 en 1967 y N°7221 en 1991) le han ido adaptando a la realidad del momento. El abanico de especialización de la profesión también se ha diversificado considerablemente, pasando de los ingenieros agrónomos generalistas que crearon el Colegio hasta llegar a la actualidad con más de setenta especialidades agrupadas en tres grandes ámbitos: agropecuario, forestal y ambiental.